一、生物化工产业自身影响因素
生物化工产业是行业发展的关键因素之一。在现阶段，一些公司大规模投资于生产医疗设备和生物制药技术等领域，包括了生长素、抗生素、蛋白酶、生物多肽链的制备等高新产业，且产业成长速率较快，产业更新换代，产业的成长前景将不可估量。但是，在新产业的剧增条件下，生物化工公司的产业获得新的发展机遇仍是关键课题。
最后，国家科技发展问题。从目前生物化工的产业发展情况来看，虽然中国已经开始逐步走向世界，不过对于距离部分先进科技国家而言，依然是任重而道远。造成这一现象的关键在于论文发表创新的把控，由于起步较晚、开展时间短暂，所拥有的核心技术和工艺领先水平也亟待提高，从而推动中国生物化工产业取得高、快增长。
二、资金投入问题
国家资金监管机构是发展生物化工的主要资金来源，但目前资金仍相对欠缺，这将导致科研、工业项目等都无法有效进行，生物化工行业发展将受到阻碍。
如果从金融机构方向获取资金，因为生物化工行业流动资金需要量很大，且面临论文发表研发失败风险，而金融机构则更希望给予现成产品的融资支持。在此前提下，生物化工获得的融资显然不够。
三、研究范围较广，精细度不足
当前中国生物生化工程技术研究可谓全面开花，不断拓宽研究领域，但是大多数生物工程论文发表研究不够细致，研究结论比较笼统，使有关食品业、轻工业、药品等产业的生物化工产品类目较少，应用针对性较差，加之产业缺乏标准，生物生化工程技术所需原材料供给不够，部分公司或部门为了完成研发任务，而无法选取最理想的原材料开展研发和制造工作，使相关产品质量无法得以有效保障，同时还会产生生物化学环境污染，严重危害了生物化工行业的科学发展。
四、缺乏足够的知识产权保护
生物化工行业的专利保障严重落后，相关体系建设不健全，且缺少优秀的专业化知识产权管理人才。生物化工产业中所包含的专利数量相当丰富，但不少产业都面临着诉讼风险，因为如果没有很好的保护知识产权，则许多科技都将无法正常应用，而产品生产也毫无意义。
